Wytyczne do programów finansowanych z Europejskiego Funduszu Społecznego nie precyzują kwestii organizacyjnych związanych z przeprowadzaniem kontroli rachunkowej. Do obowiązków głównego księgowego należy prowadzenie rachunkowości jednostki, jeśli kierownik jednostki powierzy mu takie obowiązki na piśmie. W małych jednostkach zdarza się, że główny księgowy sam wykonuje większość prac związanych z rachunkowością jednostki, od kontroli po czynności ewidencyjne. Główmy księgowy może prowadzić czynności kontrolne w ramach realizowanego projektu, ponieważ jego podpis złożony na dowodach księgowych projektu, zgodnie z art. 54 ust. 3 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych, świadczy o tym, że nie zgłasza on zastrzeżeń do kompletności oraz formalno-rachunkowej rzetelności i prawidłowości dokumentów dotyczących tej operacji. Wydatki przewidywane budżetem projektu stanowią część zatwierdzonego planu finansowego jednostki, więc muszą być sprawdzane co do zgodności z tym planem. Podejmowanie decyzji co do sposobu księgowania należy do osoby, której powierzono prowadzenie ksiąg rachunkowych. Również w podanym akcie ustalono, że należy odróżnić wprowadzanie danych, w tym przypadku operacji projektu, od decydowania o sposobie zakwalifikowania tych danych do ujęcia w księgach rachunkowych. A zatem księgować operacje projektu może zarówno inny pracownik, jak i główny księgowy.

Jednak główny księgowy nie może zatwierdzać do wypłaty żadnych dowodów księgowych. Od 2002 roku., tj. od czasu zmian w u.f.p., za całość gospodarki finansowej odpowiada kierownik jednostki. Zatwierdzać do wypłaty może zatem kierownik jednostki lub wyraźnie do tego upoważniony inny pracownik jednostki, przy czym nie może to być główny księgowy, ponieważ do jego obowiązków należy wykonywanie dyspozycji kierownika jednostki, a nie dysponowanie środkami publicznymi. Nieprzypadkowo w art. 54 ust. 3 u.f.p. ustalono, że główny księgowy ma złożyć podpis obok pracownika właściwego rzeczowo, a nie obok kierownika jednostki. A zatem główny księgowy nie ma prawa złożyć swojego podpisu obok kierownika jednostki pod adnotacją „zatwierdzam do wypłaty”. Przy wykonaniu budżetu obowiązuje zasada rozdzielenia dysponowania środkami publicznymi od kasowego wykonania.

Więcej w Dzienniku Gazecie Prawnej z 3 września 2012 r.