To, kiedy z duplikatów faktur może być odliczany podatek, zależy od okoliczności konkretnego przypadku.
Możliwe są trzy scenariusze.

1. Egzemplarz faktury przeznaczony dla nabywcy (dawniej – oryginał faktury) może ulec zniszczeniu lub zaginąć zanim dotrze do nabywcy (czyli przed otrzymaniem przez nabywcę).
W takich przypadkach otrzymanie duplikatu faktury jest otrzymaniem faktury w rozumieniu art. 86 ust. 10 pkt. 1 ustawy o VAT. Prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje więc za okres, w którym podatnik otrzymał duplikat faktury.

2. Egzemplarz faktury przeznaczony dla nabywcy ulega zniszczeniu lub zaginięciu po dotarciu do nabywcy (po otrzymaniu przez nabywcę).
W takich przypadkach otrzymaniem faktury w rozumieniu art. 86 ust. 10 pkt 1 ustawy o VAT pozostaje dzień otrzymania egzemplarza faktury, który uległ zniszczeniu lub zaginą. Moment otrzymania duplikatu w tym przypadku nie wpływa na moment powstania prawa do odliczenia podatku naliczonego. Powstało ono w rozliczeniu za okres, w którym otrzymany został egzemplarz faktury, który uległ zniszczeniu lub zaginął.

3. Dotyczy on przypadków, gdy prawo do odliczenia powstaje zgodnie z art. 86 ust. 10 pkt 3 ustawy o VAT, a więc w rozliczeniu za okres, w którym przypada termin płatności za nabywane przez podatników towary i usługi.
Będzie tak w przypadku nabywanych przez podatników energii elektrycznej i cieplnej oraz gazu przewodowego, usług telekomunikacyjnych, usług w zakresie rozprowadzania wody, usług w zakresie gospodarki ściekami, usług wywozu i unieszkodliwiania odpadów oraz usług sanitarnych i pokrewnych.
Stosowania tej zasady nie zmienia zniszczenie lub zaginięcie pierwotnego egzemplarza faktury, jak również wystawienie duplikatu faktury. Okresem rozliczeniowym powstania prawa do odliczenia pozostaje okres, w którym upłynął termin płatności.

Odpowiedź na pytanie zależy zatem od tego, który ze scenariuszy ma w przedstawionej sytuacji miejsce.