Zdarza się, ze urząd skarbowy, który sprawdza księgi podatkowe przedsiębiorcy, stwierdza, że są one prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy. W takim przypadku (zgodnie z art. 193 § 6 ordynacji podatkowej) określa w protokole za jaki okres i w jakiej części kwestionuje zapisy znajdujące się w tych księgach. Protokół musi zostać doręczony przedsiębiorcy, a urząd musi w nim zamieścić pouczenie, że podatnik ma prawo wniesienia w określonym terminie zastrzeżeń do jego ustaleń. Wniesienie zastrzeżeń jest uprawnieniem podatnika, które pozwala mu na przedstawienie korzystnych dla siebie dowodów, a organowi podatkowemu umożliwia prawidłowe określenie podstawy opodatkowania.

Stosownie do art. 193 § 8 o.p. podatnik może wnieść zastrzeżenia do takiego protokołu w zakresie zawartych w nim ustaleń. W takim jednak przypadku ma obowiązek przedstawić dowody, które pozwolą organowi prawidłowo określić podstawy opodatkowania. Ustawodawca w sposób wyraźny i niebudzący jakichkolwiek wątpliwości przewidział zatem możliwość wykorzystania wszelkich dowodów po to, aby została prawidłowo określona podstawa opodatkowania.

Nie chodzi tu bynajmniej o wszystkie informacje dotyczące zdarzeń i okoliczności. Skuteczność prawna żądania przeprowadzenia dowodu jest bowiem uzależniona od stwierdzenia, że udowodniona ma zostać okoliczność mająca znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy, a dodatkowo nie została ona potwierdzona innym dowodem.