Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT strata odpowiadająca niezamortyzowanej wartości początkowej inwestycji w obcym środku trwałym nie może zostać zaliczona do kosztów uzyskania przychodów, w sytuacji gdy środki te utraciły swoją przydatność gospodarczą wskutek zmiany rodzaju działalności. Stąd – a contrario do zapisu art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT oraz przy założeniu spełniania warunków art. 15 ust. 1 tej ustawy – można byłoby więc uznać, że niezamortyzowaną wartość inwestycji można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów, poza sytuacją, gdy likwidacja inwestycji w obcym środku trwałym jest związana ze zmianą rodzaju działalności.

Przedsiębiorcy często decydują się na likwidację inwestycji w obcym środku trwałym. Może mieć to związek z rozwojem przedsiębiorstwa i konieczną w tym celu zmianą wynajmowanego lokalu na większy.
Likwidacja może być spowodowana troską o zapobieżenie stratom spowodowanym problemami z prowadzeniem działalności w danym miejscu i zmianą tego miejsca na inne, dające lepsze możliwości prowadzenia efektywnej działalności, a co za tym idzie – generowania większych zysków.

Jednak przy podejmowaniu decyzji o zaliczeniu do kosztów podatkowych niezamortyzowanej części inwestycji należy mieć na uwadze stanowiska organów podatkowych, jak i orzecznictwo sądów, które w różny sposób prezentują pojęcie likwidacji. Niejednokrotnie stosują one takie interpretacje pojęcia likwidacji, że zawężają podatnikom możliwość zaliczenia straty z likwidacji do kosztów uzyskania przychodów.

Organy podatkowe często stoją na stanowisku, że do kosztów podatkowych można zaliczyć niezamortyzowane nakłady inwestycje w obce środki trwałe tylko w sytuacji, gdy dojdzie do ich fizycznej likwidacji. Zgodnie z wieloma stanowiskami organów podatkowych nie można więc mówić o likwidacji inwestycji w sytuacji, gdy nie dojdzie do ich fizycznego unicestwienia. Brak fizycznego zniszczenia sprawia, że tym samym podatnik nie może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów strat wynikających z ich niezamortyzowanej wartości. Organy podatkowe tłumaczą swoje stanowisko tym, że inwestycje w obce środki trwałe nie utraciły ustawowych przymiotów środka trwałego (tj. kompletności i przydatności) tak jak w wyniku zniszczenia, uszkodzenia, demontażu lub złomowania. W związku z tym, zdaniem wielu z nich, nie można więc mówić o likwidacji środka trwałego w rozumieniu ustawy o CIT bez faktycznego jego unicestwienia.

W praktyce działalności wielu przedsiębiorstw likwidacja fizyczna nakładów inwestycyjnych jest albo niemożliwa, albo po prostu nieopłacalna ze względu na jej wysokie koszty. W wielu przypadkach umowy zawarte pomiędzy najemcą a wynajmującym nie przewidują możliwości zwrotu wydatków poniesionych na przystosowanie obiektu do potrzeb spółki. Przystosowanie obiektów często jest podyktowane specyficznymi uwarunkowaniami lokalowymi lub są ściśle związane z działalnością przedsiębiorstwa. Nawet jeżeli podatnik zdecydowałby się na ich demontaż, to w wielu sytuacjach nie mógłby ich już ponownie użyć ani odsprzedać.

Trudno jest się zgodzić ze stanowiskami organów podatkowych, które niekorzystnie dla podatników interpretują przepisy ustawy o CIT i ograniczają możliwość ujęcia w kosztach podatkowych niezamortyzowanej części inwestycji w obcym środku trwałym w sytuacji, gdy nie dojdzie do jej fizycznego zniszczenia. W większości sytuacji decyzje kierownictwa dotyczące np. zmiany lokalizacji obiektu są ekonomicznie uzasadnione i tym samym ściśle powiązane z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.

Na przestrzeni ostatnich lat, w wyniku sporów pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi, sądy administracyjne wielokrotnie wypowiadały się pozytywnie w kwestii zaliczenia do kosztów podatkowych straty wynikłej z likwidacji niezamortyzowanej części inwestycji w obcym środku trwałym. Z drugiej strony można też przytoczyć wyroki sądów, które w pełni akceptowały stanowiska organów podatkowych. Należy więc mieć na uwadze, że wyroki są wiążące wyłącznie w konkretnych sprawach. Można je wykorzystywać w celu poparcia swojego stanowiska przed organem podatkowym, jednak należy mieć świadomość, że mogą one być przez niego kwestionowane.

W końcu zagadnienie to doczekało się swojej wykładni w uchwale siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 25 czerwca 2012 r. (II FPS 2/12). W uchwale tej zostały przytoczone trzy warunki, jakie muszą być spełnione, aby wydatek (np. niezamortyzowaną część inwestycji w obcym środku trwałym) mógł być uznany za koszt uzyskania przychodów:

1. wydatek musiał być wcześniej poniesiony,

2. istnieje związek pomiędzy kosztem a uzyskaniem przychodu, jego zachowaniem lub zabezpieczeniem źródła przychodów, tj. musi być spełniony podstawowy warunek zarachowania wydatku w koszty uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 ustawy o CIT,

3. brak jest wyraźnego wyłączenia wydatku z kosztów uzyskania przychodów w ustawie o podatku dochodowym.