Zasady przyznawania tych środków określa rozporządzenie Ministra Pracy i Polityki Społecznej z 20 lipca 2011 r. w sprawie dokonywania z Funduszu Pracy refundacji kosztów wyposażenia lub doposażenia stanowiska pracy dla skierowanego bezrobotnego oraz przyznawania środków na podjęcie działalności gospodarczej. Z § 8 ust. 2 pkt. 5 tego rozporządzenia wynika, że umowa o dofinansowanie powinna zawierać zobowiązanie bezrobotnego do zwrotu równowartości odliczonego lub zwróconego, zgodnie z ustawą o VAT, podatku naliczonego dotyczącego zakupionych towarów i usług w ramach przyznanego dofinansowania. Termin na zwrot takiego dofinansowania to:

1) 90 dni od dnia złożenia deklaracji VAT, w której wykazano kwotę podatku naliczonego z tego tytułu – w przypadku gdy z deklaracji za dany okres rozliczeniowy wynika kwota podatku podlegająca wpłacie do urzędu skarbowego lub kwota do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy,

2) 30 dni od dnia dokonania przez urząd skarbowy zwrotu podatku na rzecz bezrobotnego – w przypadku gdy z deklaracji podatkowej dotyczącej podatku od towarów i usług, w której wykazano kwotę podatku naliczonego z tego tytułu, za dany okres rozliczeniowy wynika kwota do zwrotu.

W przepisie mowa jest o podatku odliczonym lub zwróconym. Wynikający z § 8 ust. 2 pkt. 5 wskazanego rozporządzenia obowiązek zwrotu części otrzymanego dofinansowania nie powstaje, jeżeli podatnik nie odliczył ani nie otrzymał zwrotu takiego podatku. Dotyczy to zarówno sytuacji, w których podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia lub otrzymania zwrotu z tytułu dokonywania zakupów towarów i usług w ramach przyznanej refundacji, jak również sytuacji, gdy podatnikowi prawo takie przysługuje, lecz z własnej woli podatnik nie korzysta z niego.

Istnienie takiej możliwości potwierdziło Ministerstwo Pracy i Polityki Społecznej w (będącym odpowiedzią na interpelację poselską nr 7249) piśmie z 16 sierpnia 2012 r. W piśmie tym czytamy, że „w przypadku natomiast gdy osoba bezrobotna po otrzymaniu jednorazowych środków na podjęcie działalności gospodarczej nie zamierza występować do właściwego urzędu skarbowego o zwrot należnego podatku VAT, po złożeniu stosownego oświadczenia do starosty z informacją o nieskorzystaniu z przysługujących jej uprawnień zostanie zwolniona z obowiązku dokonania zwrotu podatku VAT od zakupionych towarów i usług w ramach przyznanej pomocy. W takim przypadku VAT stanowi wydatek kwalifikowalny, zgodnie bowiem ze stanowiskiem Ministerstwa Finansów z 14 grudnia 2011 r., PTI/063-57/830/TKO/II/PT-1369, podatnik ma prawo, a nie obowiązek do skorzystania z przysługującego uprawnienia w przedmiocie odzyskania ww. podatku”.

Różnice w skutkach podatkowych występują wyłącznie na gruncie VAT. Jest to spowodowane tym, że bezrobotni, którzy rezygnują z możliwości odliczenia lub zwrotu podatku naliczonego, nie mogą kwot podatku naliczonego zaliczać do kosztów uzyskania przychodów.

O możliwości zaliczania podatku naliczonego do kosztów uzyskania przychodów nie decyduje bowiem nieodliczenie lub nie wykazanie do zwrotu tego podatku od podatku należnego, lecz brak uprawnienia do dokonania takiego odliczenia lub wykazania do zwrotu. Nie jest zatem kosztem uzyskania przychodów podatek naliczony, który mógł zostać przez podatnika odliczony lub wykazany do zwrotu, lecz podatnik z możliwości takiej nie zdecydował się skorzystać. I odwrotnie – jest kosztem uzyskania przychodów podatek naliczony, który bezpodstawnie został odliczony lub wykazany do zwrotu, a negatywne konsekwencje takiego postępowania wystąpią wyłącznie na gruncie VAT.

Podobnie ma się rzecz, jeżeli chodzi o uwzględnianie podatku naliczonego w wartości początkowej środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Podatek naliczony z którego odliczenia lub wykazania do zwrotu podatnik zrezygnował, nie powiększa tej wartości początkowej.