Ustawodawca wskazuje, że podatnicy zobowiązani są przechowywać otrzymane faktury w podziale na okresy rozliczeniowe, w taki sposób, aby zapewnić łatwe ich odszukanie oraz autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia lub otrzymania do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

W opisanym w pytaniu przypadku faktura papierowa zostaje zeskanowana. Tym samym wersja elektroniczna faktury zawiera dokładnie takie same dane jak wersja papierowa. Nie ma również możliwości ingerowania w treść faktury po jej zeskanowaniu i wprowadzeniu do bazy danych. Wobec tego zapewniona jest autentyczność pochodzenia i integralność treści faktury.

Ponadto, jeżeli firma przechowuje faktury w wersji elektronicznej w podziale na okresy rozliczeniowe przez okres wymagany przez przepisy prawa podatkowego oraz w przypadku potencjalnej kontroli podatkowej jest w stanie zapewnić pełny, bezzwłoczny dostęp do tych faktur, to spełnione są wszystkie warunki określone w rozporządzeniu wykonawczym.

Wobec tego firma otrzymująca faktury papierowe, które zostały zeskanowane i wprowadzone do bazy danych, ma prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z tych faktur, pomimo że wersja papierowa faktur jest niszczona.

Prawo do odliczenia w takich przypadkach zostało potwierdzone w wydanych przez organy podatkowe interpretacjach.