W przypadku spółek komandytowo-akcyjnych  na mocy uchwały NSA z 16 stycznia 2012 r. (II FPS 1/11) oraz interpretacji ogólnej ministra finansów z 11 maja 2012 r. (DD5/033/1/12/KSM/DD-125) ugruntował się w ostatnim czasie pogląd, zgodnie z którym akcjonariusze SKA są opodatkowani inaczej niż wspólnicy innych spółek niebędących osobami prawnymi. W uchwale tej NSA stwierdził, że akcjonariusze opodatkowani są z chwilą faktycznego otrzymania dywidendy. Minister finansów natomiast przyjął, że przychód dla akcjonariusza SKA powstaje z dniem podjęcia uchwały o wypłacie dywidendy (względnie w dniu dywidendy określonym w uchwale). Tak długo zatem jak SKA nie podejmie uchwały o wypłacie dywidendy, dla-akcjonariusza nie powstanie obowiązek podatkowy. W praktyce może to doprowadzić do sytuacji, w której w SKA będą skumulowane zyski, które nie zostały opodatkowane w związku z brakiem uchwały o wypłacie dywidendy. Gdy następnie SKA zostanie zlikwidowana, powstanie wątpliwość, czy wypłata takich skumulowanych zysków w związku z likwidacją SKA spowoduje powstanie przychodu (dochodu) dla akcjonariuszy SKA.

Ustawodawca nie przewidział szczególnych skutków podatkowych likwidacji SKA. Zatem zastosowanie będą tutaj miały ogólne przepisy dotyczące spółek niebędących osobami prawnymi. W przypadku likwidacji takich spółek ustawodawca wprost stwierdził, że nie zalicza się do przychodu środków pieniężnych otrzymanych przez wspólnika spółki niebędącej osobą prawną z tytułu likwidacji takiej spółki. Podobnie do przychodu nie zalicza się wartości innych składników majątku otrzymanych przez wspólnika spółki niebędącej osobą prawną z tytułu likwidacji takiej spółki.

Przepisy art. 12 ust. 4 pkt. 3a lit. a i pkt. 3b ustawy o CIT, regulujące tę kwestię, zostały sformułowane w sposób jednoznaczny i niebudzący wątpliwości. W prawie identycznym brzmieniu przepisy te można znaleźć również w ustawie o PIT. Jeśli zatem w związku z likwidacją spółki niebędącej osobą prawną zostaną wspólnikowi wypłacone środki pieniężne lub zostaną wydane inne składniki majątku, to ich wartość nie będzie stanowiła dla wspólnika przychodu. I to niezależnie od tego, czy wspólnik podlega opodatkowaniu CIT, czy PIT.

Zatem również w przypadku likwidacji SKA wypłata środków pieniężnych lub wydanie innych składników majątku nie powinno wiązać się dla wspólnika z wystąpieniem przychodu.
Taki pogląd potwierdzają niektóre interpretacje indywidualne organów podatkowych. Przykładowo w interpretacji z 21 sierpnia 2012 r. Izby Skarbowej w Warszawie (IPPB3/423-383/12-2/DP), analizując ewentualną likwidację SKA, izba stwierdziła, że: „wyłączenie z opodatkowania CIT przychodów w postaci środków pieniężnych oraz przychodów odpowiadających wartości innych niż środki pieniężne składników majątku otrzymanych przez wspólnika z tytułu likwidacji spółki niebędącej osobą prawną, wynika wprost ze znowelizowanych przepisów ustawy o CIT”.

Podobny pogląd wyraził ten sam organ w interpretacji z 13 grudnia 2012 r. (1PPB3/423-726/12-2/KK).
Co ciekawe, ten sam organ w interpretacji wydanej dzień później, czyli 14 grudnia 2012 r. (IPPB3/423-712/12-2/KK), stwierdził w prawie identycznym stanie faktycznym, że do przychodów akcjonariusza SKA niektóre przepisy dotyczące spółek niebędących osobą prawną mają zastosowanie, a niektóre nie mają zastosowania. Z interpretacji tej wynika, że to organ podatkowy stwierdził, które przepisy mają zastosowanie, a które nie, bo przecież między 13 a 14 grudnia 2012 r., kiedy wydane zostały rozbieżne interpretacje, ustawodawca nie wprowadził zmian w przepisach. Idąc tym tropem, również dyrektorzy izby skarbowe w pozostałych miastach, gdzie wydawane są interpretacje podatkowe, w zakresie likwidacji SKA odeszli od językowego interpretowania przepisów i stwierdzili, że w przypadku likwidacji SKA akcjonariusze powinni rozpoznać przychód w wartości otrzymanych środków pieniężnych lub innych składników majątku otrzymanych w związku z likwidacją.

Do takiego niekorzystnego dla podatników poglądu przychylił się również Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w wyroku z 11 kwietnia 2013 r. (I SA/01 130/13). Sąd ten stwierdził, że wykładnia językowa w prawie podatkowym nie ma bezwzględnego prymatu. Jednocześnie, powołując się na orzecznictwo NSA i poglądy komentatorów, stwierdził, że wykładając dany przepis prawa, należy brać pod uwagę jego relację do innych przepisów. Niedopuszczalna jest więc taka wykładnia przepisów, która prowadziłaby do braku opodatkowania zysków osiągniętych przez SKA. Sąd w Olsztynie uznał zatem, że wypłata środków pieniężnych i innych składników majątku w związku z likwidacją SKA będzie dla akcjonariusza przychodem, niezależnie od tego, że językowa analiza art. 12 ust. 4 pkt. 3a lit. a i pkt. 3b ustawy o CIT prowadzi do przeciwnego wniosku.

To niekorzystne dla podatników podejście nie zostało zaakceptowane przez kolejny Wojewódzki Sąd Administracyjny, tym razem we Wrocławiu. Sąd ten w wyroku z 18 kwietnia 2013 r. (I SA/Wr 278/13) stwierdził, że przepis dotyczący wypłaty środków pieniężnych lub innych składników majątku w związku z likwidacją spółki niebędącej osobą prawną „jest sformułowany bardzo jednoznacznie i nie zawiera pojęć nieostrych, które mogłyby być przedmiotem rozbieżnych interpretacji”. Jednocześnie w ocenie tego sądu dokonana przez organ podatkowy niekorzystna dla podatnika wykładnia przepisu „pozostawała w oczywistej sprzeczności z literalnym brzmieniem tych przepisów”. WSA we Wrocławiu stwierdził wprost, że nawet jeśli literalna wykładnia przepisu doprowadzi do braku opodatkowania wspólnika zarówno na poziomie istniejącej SKA (brak uchwały o podziale zysku), jak i w związku z jej likwidacją, to nie może prowadzić do wykładni contra legem. Jednocześnie „na gruncie obowiązujących przepisów ustawy o CIT, dotyczących likwidacji spółki osobowej, nie ma żadnych podstaw do rozróżniania i odmiennego traktowania akcjonariuszy SKA od pozostałych wspólników spółek osobowych (…)”.