Dodatkowo ewidencja usług tego typu nie obejmuje podatku od towarów i usług. Wykonywanie szczepień ochronnych i iniekcji służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia podlegają zwolnieniu z tego podatku, o ile świadczone usługi zawierają się w pojęciu opieki medycznej.

W związku z tym wartość usługi na podstawie otrzymanej faktury można zaksięgować zapisem: strona Wn konta 300 – Rozliczenie zakupu, strona Ma konta 202 – Rozrachunki z dostawcami lub 240 – Inne rozrachunki. Następnie należy ją odnieść w koszty działalności operacyjnej, co można ująć następująco: strona Wn konta 440 – Ubezpieczenia społeczne i inne świadczenia, strona Ma konta 300 – Rozliczenie zakupu.

Kolejna kwestia wpływająca na ewidencję księgową tego świadczenia, to jego opodatkowanie. Ponieważ na pracodawcy nie ciąży obowiązek sfinansowania szczepień przeciwko grypie, stanowi ono przychód pracownika i należy odprowadzić zaliczkę na podatek Należy też odprowadzić składki ZUS. Jednak nie zawsze musi tak być. Podstawy wymiaru składek nie stanowią bowiem m.in. korzyści materialne wynikające z układów zbiorowych pracy, regulaminów wynagradzania lub przepisów o wynagradzaniu, a polegające na uprawnieniu do zakupu po cenach niższych niż detaliczne niektórych artykułów, przedmiotów lub usług. Wynika to z par. 2 ust. 1 pkt. 26 rozporządzenia w sprawie szczegółowych zasad ustalania podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe. Jeżeli więc pracodawca przeprowadza szczepienia przeciw grypie ze względu na obowiązek wynikający z układu zbiorowego pracy, regulaminu wynagradzania lub przepisów o wynagradzaniu a dodatkowo pracownik poniesie za nie częściową odpłatność, to wartość tego świadczenia zostanie wyłączona z oskładkowania.

Pracodawca może rozliczyć świadczenie wraz z wynagrodzeniem. W księgach może to zostać zaksięgowane następującymi zapisami:

1. Ewidencja wynagrodzenia brutto: strona Wn konta 430 – Wynagrodzenie, strona Ma konta 231 – Rozrachunki z tytułu wynagrodzeń.

2. Obciążenia, które ponosi pracownik od wartości wynagrodzenia powiększonego o wartość świadczenia: składki na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne oraz zaliczka na PIT od kwoty wynagrodzenia wraz z wartością szczepienia: strona Wn konta 231 – Rozrachunki z tytułu wynagrodzeń, strona Ma konta 220 – Rozrachunki publicznoprawne.

3. Obciążenia pracodawcy od wartości wynagrodzenia powiększonego o wartość świadczenia: strona Wn konta 440 – Ubezpieczenia społeczne i inne świadczenia, strona Ma konta 220 – Rozrachunki publicznoprawne.