Zdarza się, że wyliczona składka zdrowotna jest wyższa od zaliczki na podatek dochodowy. Takie okoliczności mogą mieć miejsce w przypadku zatrudnienia w niepełnym wymiarze czasu pracy, absencji chorobowej lub nieprzepracowania całego miesiąca. Obowiązujące przepisy określają zasady postępowania w takiej sytuacji, nakazując pomniejszenie składki zdrowotnej do wysokości zaliczki.

Zasadą jest, że składka na ubezpieczenie zdrowotne (w wysokości 9 proc.) nie może przewyższać naliczonej zaliczki na podatek. W takiej sytuacji składkę tę trzeba obniżyć do kwoty tej zaliczki.

Gdy zaliczka na podatek jest niższa od składki zdrowotnej, którą odlicza się od podatku, zaliczka do odprowadzenia wynosi 0 zł.

Zdarza się też tak, że zarówno składka na ubezpieczenie zdrowotne, jak i zaliczka na podatek wynoszą 0 zł. Chodzi o sytuację, gdy zaliczka wynosi 0 zł, więc składka zdrowotna obniżona do kwoty zaliczki to również 0 zł.

Bywają sytuacje, kiedy pracownik otrzymujący niskie wynagrodzenie, uzyskuje jednocześnie opodatkowany przychód w postaci świadczenia niepieniężnego, od którego nie odprowadza się składek ZUS. W takim przypadku składkę zdrowotną należy ustalić, przyjmując za podstawę jej wymiaru wyłącznie przychód podlegający oskładkowaniu pomniejszony o składki na ubezpieczenia społeczne potrącone z płacy podwładnego. Obliczoną składkę trzeba jednak porównać z zaliczką na podatek dochodowy należną od całego opodatkowanego przychodu.

We wszystkich przedstawionych przykładach z pensji pracownika nie potrąca się różnicy między składką zdrowotną należną (9 proc.) a odliczoną od zaliczki (7,75 proc). Takiego potrącenia dokonuje się bowiem tylko wtedy, gdy zaliczka na podatek dochodowy jest wyższa lub równa składce zdrowotnej.