Spółka zawarła umowę najmu pomieszczeń biurowych. W celu dostosowania wynajętych powierzchni dla potrzeb prowadzonej działalności spółka poniosła koszty adaptacji, które zostały zakwalifikowane do inwestycji w obcym środku trwałym, podlegającej amortyzacji. Od dokonanych zakupów spółka odliczyła YAT w całości, gdyż służyły one w pełni działalności opodatkowanej. Umowa najmu została zawarta na czas określony, po którym nie została przedłużona. Skutkiem tego było zaprzestanie wykorzystywania poniesionych inwestycji do dalszych czynności opodatkowanych oraz ich likwidacja. Postanowienia umowne nie obligowały spółki do przywrócenia lokali do stanu pierwotnego. Nie przewidywały również zwrotu poniesionych nakładów.

Spółka zwróciła się więc do organu podatkowego z pytaniem, czy likwidacja inwestycji w obcym środku trwałym powoduje obowiązek korekty VAT naliczonego od części niezamortyzowanej inwestycji. Przedstawiając własne stanowisko, spółka wskazała, że jej zdaniem nie ma obowiązku takiej korekty, ponieważ prawo do odliczenia VAT naliczonego przysługiwało jej przy nabyciu inwestycji, a fakt rozwiązania umowy najmu nie powinien wpływać na jego zmianę.

Izba Skarbowa w Warszawie w interpretacji z 28 sierpnia 2013 r. (IPPP2/443-517/13-2/JW) uznała to stanowisko za nieprawidłowe. Jej zdaniem spółka powinna skorygować VAT naliczony od inwestycji w obcym środku trwałym, która nie została zamortyzowana w sposób określony w art. 91 ust. 1-7 ustawy o VAT.