Przedsiębiorca rozliczający się z podatku dochodowego na podstawie podatkowej księgi przychodów i rozchodów ma obowiązek sporządzenia na koniec każdego roku podatkowego, tj. na 31 grudnia, spisu z natury. Ujmuje w nim towary handlowe, materiały (surowce), półwyroby, wyroby gotowe, odpady i braki (§ 27 rozporządzenia ministra finansów w sprawie prowadzenia pkpir). W wyniku porównania stanu ewidencyjnego (z programu magazynowego) ze stanem rzeczywistym, czyli wykazanym w spisie, może stwierdzić różnice pomiędzy nimi.

W przypadku wystąpienia różnic wynikających z:

– niedoboru towaru – stan faktyczny jest niższy od stanu ewidencyjnego,

– nadwyżki towaru – stan faktyczny jest wyższy niż stan ewidencyjny,

– należy doprowadzić stan ewidencyjny do stanu faktycznego.

Jeśli wystąpią niedobory lub nadwyżki, to należy sprawdzić, czy nie są one wynikiem pomyłek popełnionych w ewidencji magazynowej już przy dokonywaniu zapisów dotyczących przychodów i rozchodów towarów.

W przypadku niedoborów towarów, należy przeprowadzić postępowanie wyjaśniające i udokumentować stwierdzone różnice. Jeśli powstałe niedobory są niezawinione, tzn. nie powstały w wyniku niestaranności bądź zamierzonego działania podatnika, wówczas mogą one stanowić koszty uzyskania przychodu, pod warunkiem prawidłowego udokumentowania. W tym celu sporządza się protokoły opisujące powstałe różnice oraz ich przyczyny, do których załącza się pisemne wyjaśnienie osób materialnie odpowiedzialnych.

W przypadku wystąpienia niezawinionych niedoborów towarów, należy ich wartość w cenach zakupu z kolumny 10 księgi „Zakup towarów handlowych i materiałów wg cen zakupu” wyksięgować ze znakiem minus i wpisać do kolumny 13 „Pozostałe wydatki”. Jeśli niedobór był zawiniony, to nie może być kosztem uzyskania przychodu. Należy wówczas wyksięgować jego wartość z kolumny 10 księgi „Zakup towarów handlowych i materiałów wg cen zakupu” ze znakiem minus i nie ujmować w innych kolumnach podatkowej księgi przychodów i rozchodów.

Powstałe nadwyżki, jeśli faktycznie wystąpiły, są dla przedsiębiorcy przychodem. Wówczas są one ujmowane w kolumnie 8 księgi „Pozostałe przychody”.