W razie wpłaty na poczet zaległości podatkowej na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty zaliczoną na poczet odsetek za zwłokę.

Zwrot nadpłaty należy się, gdy ten, u którego ona powstała, nie został wskutek niej zubożony. Najczęściej dla odzyskania nadpłaty podatnik musi sam określić jej wysokość we wniosku o zwrot i złożyć jednocześnie skorygowaną deklarację czy zeznanie. Dotyczy to bowiem wszystkich sytuacji, gdy w odniesieniu do daniny obowiązuje tzw. zasada samoopodatkowania, a podatnik złożył zeznanie roczne albo deklarację podatku VAT, akcyzowego lub o wpłacie z zysku (por. art. 74 w związku z art. 73 § 2 op), z których wynika wysokość podatku.

Gdy nadpłata wynika z zeznania podatkowego PIT lub CIT lub deklaracji podatku akcyzowego, a także deklaracji o wpłatach z zysku, do jej zwrotu nie jest potrzebna decyzja podatkowa ani żaden wniosek o zwrot (art. 74a op). Wynika ona z samego zeznania czy deklaracji, w tym sensie określa ją sam podatnik. Urząd skarbowy musi zwrócić ją w terminie z własnej inicjatywy, bez potrzeby ubiegania się o zwrot, choć rozliczenie takiej nadpłaty nie musi być ostateczne.

O nadpłacie można mówić tylko w odniesieniu do podatku, a nie do zaliczek na podatek. Dlatego nadpłata w podatku dochodowym może powstać tylko po rozliczeniu rocznym (por. wyrok WSA z Rzeszowie z 6 marca 2008 r., I SA/Rz 21/08).

Wniosek o stwierdzenie nadpłaty w celu jej odzyskania może złożyć podatnik, który kwestionuje wysokość podatku pobranego przez płatnika. Jest to też sposób na odzyskanie nadpłaty, gdy w rozliczeniach z fiskusem pomylimy się na swoją niekorzyść

Więcej w Rzeczpospolitej z 17 września 2009 r.