Ustawodawca pozwolił podatnikom wybrać, czy chcą odliczać składki od podstawy opodatkowania czy też zaliczą je do kosztów uzyskania przychodów. W tym drugim wypadku oczywiście nie odliczają już ich w zeznaniu podatkowym.

Dla przedsiębiorców, którzy osiągają tylko dochody z firmy, korzystniejsze wydaje się zaliczenie składek do kosztów.

Dla osób, które mają także inne źródła przychodów, a wykazują stratę z działalności gospodarczej, bardziej opłacalne może być odliczanie składek od podstawy opodatkowania. Pozwala to bowiem zmniejszyć ich wysokość dochody z innych źródeł, np. najmu.

Składki na ubezpieczenie zdrowotne opłacone bezpośrednio przez podatnika lub pobrane przez płatnika w roku podatkowym są odliczane od podatku. Są jednak pewne ograniczenia. Nie można uwzględnić składek, których podstawę wymiaru stanowi dochód zwolniony od podatku na podstawie ustawy, oraz składek, a których podstawę wymiaru stanowi dochód, od którego na podstawie ordynacji podatkowej zaniechano poboru podatku. Ponadto kwota składki na ubezpieczenie zdrowotne, o którą zmniejsza się podatek, nie może przekroczyć 7,75 proc. podstawy jej wymiaru.

Podatnik może odliczyć zapłacone z jego środków składki na obowiązkowe ubezpieczenie społeczne podatnika lub osób z nim współpracujących, zgodnie z przepisami dotyczącymi obowiązkowego ubezpieczenia społecznego obowiązującymi w innym niż Polska państwie UE lub w innym kraju należącym do Europejskiego Obszaru Gospodarczego lub w Konfederacji Szwajcarskiej.

Po spełnieniu warunków, ustawa o PIT daje również możliwość zmniejszenia podatku o składki na obowiązkowe ubezpieczenia zdrowotne podatnika lub osób z nim współpracujących zapłacone za granicą ze środków podatnika. Dotyczy to kwot zapłaconych w tych samych krajach, które są wymienione w przepisach o składkach na ubezpieczenia społeczne.  Odliczenie stosuje się pod warunkiem, że podstawą wymiaru składek nie jest dochód (przychód) zwolniony od podatku na podstawie umów o unikaniu podwójnego opodatkowania.