Jak pisze Rzeczpospolita, aby podatnik mógł odliczyć podatek naliczony od należnego, konieczne jest istnienie związku podatku z czynnościami opodatkowanymi Wynika to z przepisów ustawy o VAT. Art. 86 ust. 1 mówi, że w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o naliczony. Od zasady tej są jednak wyjątki. Nie ma możliwości odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych bądź nie podlegających temu podatkowi.

Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług. Gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.

Zasady zwrotu różnicy podatku na rachunek bankowy podatnika określa art. 87 ust 2 -7 ustawy o VAT. Z przepisów tych wynika, że zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. Jeżeli przeprowadzone postępowanie wykaże zasadność zwrotu, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami.