Problem opisany w Rzeczpospolitej dotyczy bonifikat udzielanych przez aptekę, które nie były uwidocznione w raportach dobowych i okresowych z kasy fiskalnej. Wynikało to z tego, że bonifikata miała być ujmowana w części informacyjnej, a nie fiskalnej kasy. Z tego powodu powstawały różnice między raportem fiskalnym, który pokazuje wartość obrotu bez uwzględnienia bonifikat, a rzeczywistym obrotem pomniejszonym o bonifikaty.

Właścicielka apteki tłumaczyła, że nie ma możliwości ingerencji w algorytm działania kasy rejestrującej, tak by dopasować go do własnych potrzeb. Rozwiązaniem problemu niedostosowania systemu kasy fiskalnej do udzielania bonifikat miał być zintegrowany system informatyczny powiązany z drukarkami fiskalnymi. Wartość bonifikat i obrotu rejestrowanego za pomocą kas fiskalnych miała być ujmowana w dziennych i miesięcznych zestawieniach sprzedaży sporządzonych za pomocą programu komputerowego, wykazującego kwoty sprzedaży i kwoty bonifikat. Właścicielka apteki chciała ustalać wartość udzielonych bonifikat przez sporządzanie dziennego zestawienia z paragonów fiskalnych. W ten sposób chciała przyporządkować kwoty udzielonych bonifikat do konkretnych stawek VAT zrealizowanego obrotu. Dane z ewidencji miały być podstawą autokorekty kwot podatku dochodowego (PIT) i VAT wykazanych w raportach fiskalnych. W efekcie kwota tych podatków uwzględniałaby rzeczywisty obrót, a nie ten wynikający z cen nieuwzględniających bonifikat.

Izba uznała, że wydruki komputerowe, w których ujęte są udzielone klientom bonifikaty, nie są podstawą do pomniejszenia przychodu w PIT. Zgodnie z przepisami rozporządzenia ministra finansów z 28 listopada 2008 r. w sprawie kryteriów i warunków technicznych, którym muszą odpowiadać kasy rejestrujące, oraz warunków ich stosowania paragon fiskalny drukowany przez kasę musi zawierać m.in. cenę jednostkową towaru lub usługi, ilość i wartość sprzedaży, wartość sprzedaży i kwoty podatku według poszczególnych stawek, wartość sprzedaży zwolnionej z podatku, łączną kwotę podatku, łączną kwotę należności, kolejny numer paragonu fiskalnego. Natomiast raport fiskalny (dobowy, miesięczny, okresowy lub rozliczeniowy) to dokument fiskalny zawierający dane sumaryczne o obrocie i kwotach podatku za daną dobę lub za wybrany okres w ujęciu według poszczególnych stawek podatkowych oraz sprzedaży zwolnionej od podatku. Zdaniem Izby tylko ewidencja obrotu i kwot podatku należnego prowadzona z zastosowaniem kas rejestrujących stanowi dowód wysokości obrotu i kwot podatku należnego od zrealizowanej przez podatnika sprzedaży.

Izba skarbowa odrzuciła dwa argumenty podatniczki. Pierwszy to twierdzenie, że przepisy podatkowe nie regulują kwestii dokumentowania bonifikat. Żaden przepis rozporządzenia z 28 listopada 2008 r. nie określa, gdzie na paragonie fiskalnym należy umieścić informację o udzielonych bonifikatach. Drugim argumentem było to, że przepisy nie mówią wprost, czy jest możliwa korekta wydruków z kas (paragonów i raportów) a ponadto wykluczają ją warunki techniczne kas, które zapewniać mają nienaruszalność i nieusuwalność zapisów w kasie.

Podatniczka starała się wykazać, że jest zobowiązana do korekty samych danych zewidencjonowanych w kasie, o ile zaszły ich zmiany, w celu określenia rzeczywistej podstawy opodatkowania. Przepisy nie określają tutaj żadnych sposobów dokonywania tej korekty, która nie może nastąpić poprzez samą kasę rejestrującą. Więc nie wykluczają wykonania jej za pośrednictwem odpowiedniej ewidencji. Podatniczka uważała, że system dokumentowania bonifikat, polegający na wykazaniu ich kwoty na paragonach fiskalnych i w systemie informatycznym, wystarczająco będzie potwierdzał zastosowanie bonifikaty i będzie uprawniał do ustalania podstawy opodatkowania PIT i VAT przy uwzględnieniu rzeczywistego obrotu, pomniejszonego o udzielone bonifikaty. Warszawska Izba Skarbowa nie zgodziła się jednak z tym poglądem.